德训师四
保卫南京
由于从淞沪战场撤退时，组织混乱，原先依托吴福线、澄锡线等预设国防工事进行逐次防御的计划全部落空，加之各部队在淞沪会战中损失惨重，撤退中又建制零落，战斗力大不如前，因此国民政府最初计划只使用不超过13个团的兵力在南京地区作象征性抵抗，主力继续后撤以保存有生力量。但是训练总监唐生智却力主死守，最后国民政府统帅部决定固守南京一至两个月，以唐生智为首都卫戍司令长官，指挥南京防御。
11月20日，唐生智颁布戒严令，南京保卫战拉开序幕。此时保卫南京的部队骨干只有36师、88师和教导总队，而且各部都是刚从淞沪战场撤下，未及补充整顿，兵力严重不足，只得放弃坚守南京东南既设国防阵地的打算，在复廓阵地展开防御，因此防御纵深相当狭小。具体部署为：88师守备雨花台及南京城南，36师守备江山、幕府山及南京城北，教导总队守备紫金山及南京城东，宪兵部队守备清凉山。
12月初，国民政府从第三战区和第七战区先后调集十一个师，加强南京防御力量。此时，南京卫戍区的总兵力才勉强达到十五个师，约十万人。其中德式师的精锐第36师、第87师、第88师和教导总队都在其列，但是这些部队经过淞沪会战的损耗，有的进行过四五次兵员补充，接受过德式训练的精兵所剩无几，平均只占部队员额的20至30，总体战斗力与开战之初已不可同日而语，最多只及开战时的四五成而已。蒋介石希望德国能从中斡旋，特意改变将国军唯一的装甲部队装甲兵团撤往湖南的计划，将装备17辆德制p1a型轻型坦克即i式a型的战车第3连留在南京。
12月3日，日军开始全线向南京推进，南京保卫战正式开始，战至6日已陆续突破国军各部的警戒阵地，逼近南京外围。
6日下午，日军第16师团先头部队已突入南京近郊的汤山镇，卫戍司令部即令36师抽出一个团前去阻截。
7日，日军在猛烈炮火掩护下向南京外围第一线主阵地开始攻击。刚从镇江撤至南京的88师被迅即调往74军与66军结合部高桥门地区，36师以预备第2团配属战车连协同第66军、第41师向突入汤山镇的日军进行反击，但是日军后续部队已经到达，并抢先向66军、41师阵地猛攻，因此反击企图无法达成，预备第2团只得在东流以西抢占有利地形转入防御。
8日，局势更为紧张，日军先后攻占汤山镇、淳化镇、靖江、镇江、宣城等外围要点。国军只得收缩兵力退守复廓阵地。由于撤退仓促，日军又衔尾紧追，一些复廓阵地尚未稳固即被日军突破。至9日拂晓，日军已进至麒麟门、苍波门、光华门、雨花台等地，并开始进行总攻城垣的准备。
9日上午，突入光华门的日军第9师团开始攻击87师260旅在工兵学校的阵地，凭借灼烈火力支援于10时攻占工兵学校，进而日军坦克部队开始以坦克炮火力直接轰击城垣，甚至还有小股日军先头部队已突入城垣。卫戍司令部一面调预备队宪兵第2团增援，一面严令旅和269旅各一部从通济门、天堂村向日军侧后反击，经过反复激战，终将光华门一线日军击退，重新夺回工兵学校。但仍有少数日军潜伏在光华门城门洞内。
10日战况更为激烈，特别是在南京城东南，日军已扫清复廓阵地直扼城垣。卫戍司令部急调7师在得到援军后终于顶住日军猛攻。入夜后，156师选派精干人员坠城垣而下，将潜伏在光华门城门洞内日军残部肃清。
而雨花台地区的88师正当日军进攻锋芒，遭到日军两个师团主力和坦克、飞机的协同猛攻，第一线工事全部毁于炮火，守军死伤甚重，被迫退守二线阵地。
11日，日军第16师团猛攻紫金山地区，教导总队拼死坚守，血战终日未失寸土日军见正面强攻不成，乃调第13师团山田支队从其右翼加入战斗，迂回攻击紫金山。
雨花台一带激战犹酣，二线阵地工事也被日军炮火摧毁，守军且战且退，据守核心阵地继续战斗。日军第114师团直逼中华门，城垣及城楼均被日军炮火摧毁，少数日军乘势冲入城内，88师立即抽调部队迎击，几经苦战终将其逐出。
日军第10军直属的国崎支队在攻占当涂后于11日渡过长江，沿江西进直扑浦口。国军统帅部见日军已突破长江，南京局势日趋危急，为避免守军尽墨，保存有生力量，蒋介石令顾祝同转告唐生智当晚撤退，但唐生智考虑自己曾力主坚守，现在又要突然撤退，怕背上骂名，要求最高统帅直接传达清楚后方才撤退，当晚蒋介石电令唐生智可相机撤退，唐生智这才开始制定撤退计划。
12日，日军攻势更盛，雨花台核心阵地于华门已被堵死，无法推入城内，只得在敌火力下沿护城河北进，结果死伤累累，残部于17时到达下关江边，乘坐88师自行控制的木船北渡长江撤至浦口。
日军攻占雨花台后，占据中华门外的制高点，对中华门一带城垣威胁极大，88师262旅冒着弹雨死据城垣，力战不退。88师师长孙元良竟在此危急关头率师部直属队擅自撤向下关，企图步264旅残部后尘渡江，在挹江门被36师师长宋希濂所阻，乃重回中华门。中午时分，日军集中炮火猛轰中华门城垣，中华门西侧城垣轰然而倒，日军随即蜂拥而入，88师抵敌不住，开始退入城内，中华门附近居民也为逃避战火向城内奔逃，难民、溃军拥挤道路，市内秩序由此大乱
36师于14时接到卫戍司令部命令，在挹江门至下关一带戒严，严禁各部擅自渡江。而此时，日军第6师团已攻入中华门，第3师团等部也逼近中山门，守军在日军压迫纷纷后撤至乌龙山、紫金山一线，74军还曾准备在三汊河架设浮桥准备渡江，但被36师所阻。此时南京守军军心已经开始动摇。
蒋介石虽电令唐生智可相机撤退，但出于政治考虑还希望能多坚守一段时间，因此于12日又致电唐生智“如南京能多守一日，则民众多加一份光荣；如能再守半月以上，则内外形势必一大变。”但是此令发出时，唐生智的撤退命令已经下达，朝令夕改只能增加指挥系统的混乱。
17时，唐生智召开师以上将领会议，部署撤退行动，下发撤退命令及计划。其计划基本设想是各部均从正面突围，只有少部随卫戍司令部从下关渡江。但是书面命令下达后，唐生智又以口头形式命令第87师、第88师、第74军和教导总队如不能全部突围，可用轮渡过江，向滁州集结。唐生智这一口头命令本意是为了能更多保存战斗力最强的中央军嫡系精锐部队，也是为了给蒋介石一个交代。但是这样一来却使本来就已混乱的撤退更为混乱，上述各部自然不会向正面突围而选择从相对比较安全的下关渡江，而其友邻则不明就里，也跟着撤退。还有一些部队根本不按照规定时间开始撤退，有的会议刚一结束便开始撤退，有的甚至还未接到命令就已经自行开始撤退。在此之中，一些高级将领只是向所属部队打电话通知撤退，便不顾部队自己先行渡江，其中不乏德式师的指挥官，如原军军长王敬久、87师现任师长沈发藻会议结束后就没有回指挥部直接奔下关，教导总队队长桂永清回到指挥部将撤退事宜告之参谋长邱清泉后就脱离部队先行赶往下关，而教导总队第2旅旅长胡启儒不等会议结束就以先去下关与36师联系为由只用电话通知第3团团长代行旅长职责，自己先去了下关。
在撤退命令下达前，已有不少溃兵拥至挹江门，而驻守该地的36师因没接到撤退命令，仍执行原先戒严的命令，甚至出现面对溃兵如潮开枪制止的情况。更是加剧了撤退的混乱程度。撤退命令一下，失去指挥的部队纷纷沿尚还安全的中山路向下关撤退，挹江门左右两个城门洞已被堵死，只有中间一门可以通行，大队人马蜂拥争过，不少人被践踏而亡，其中甚至有在光华门指挥部队勇拒日军的教导总队第1旅第2团团长谢承瑞下关码头的局面更是混乱不堪，各部队争相抢夺船只，不少船只因超载而下沉，更有一些人见无船可渡，便利用门板等漂浮器材自制简易泅渡工具渡江，结果多葬身江心。
卫戍司令长官唐生智率司令部人员于12日晚从下关乘坐小火轮渡过长江，36师利用驻守挹江门控制小火轮的便利，在司令部过江后也乘坐小火轮渡江，因此损失不大。
87师、88师和教导总队则没有36师那么幸运，大部没能渡过长江留在城里的多成为南京大屠杀的冤魂，只有少数官兵历经辗转渡江归队。
装备德制轻型坦克的战车第3连除3辆在战斗中损毁，其余全部在撤退中丢弃损失。
最后终结
教导总队从南京撤退之后，在武汉收容零散官兵，补充新兵，以储存在后方仓库的武器进行重新武装。193月，军政部将在淞沪会战中损失惨重的湘军系统的第46师进行重新整编，将该师部分官兵并入第11师与第61师，以师部及所剩下的官兵与教导总队的残部合编成新的第46师。至此，中央军校教导总队番号不复存在。
合编之后的新第46师师长为原教导总队总队长桂永清，副师长李良荣原航校特务团团长和周振强原教导总队副总队长。第46师下辖第136旅、137旅和13教导总队残部编成第旅，由马威龙原教导总队第3旅旅长任旅长。2月桂永清升任第27军军长，师长遗缺由李良荣接任。
年5月下旬第46师在27军建制内参加豫东作战，日军第14师团集中全力猛攻27军在杨固集、双塔集一带的防线，27军此时既无士气也无战力，阵地很快被日军突破，桂永清竟不思反击反而率部退向开封，只是命令配属作战的06师防守兰封，88师师长龙慕韩竟步桂永清后尘于5月23日擅自放弃兰封，使日军不费吹灰之力进占战略重地兰封。德式模范师竟如此表现，实在令人痛心疾首蒋介石闻讯后严令4军、74军、64军和27军全力反击，血战两天后于27日收复兰封，激战中46师再无昔日的赫赫虎威，三个旅长一死两伤教导总队改编而成的旅旅长马威龙阵亡，团长伤亡各二名，营长阵亡九名，全师伤亡达5000余人，却毫无战绩可言，收复兰封及周围要地的功劳均归于71军和74军。因此战后88师长龙慕韩被处决，成为抗战中第一个被处决的嫡系将领，桂永清和李良荣均被免职，第27军番号撤销，第46师仅剩3000多人，曾经显赫一时威风八面的教导总队基本已难觅其踪。46师的残部随着胡宗南的第17军团西撤，随后顺理成章地被胡宗南整编。193月胡宗南系统的黄祖勋出任师长，下辖第136旅和第13944年1月该师划归第57军，1945年2月华南地区国军整编，第57军被裁撤，第46师也随之遭到裁撤的命运，所部官兵补入第54军第8师。